Gotska cerkev svetega Miklavža, stoletna spremljevalka Novega mesta, se pne proti nebu, na vrhu v okljuk reke Krke umeščenega historičnega jedra. Cerkev je najimenitnejši spomenik mesta in eden od njegovih osrednjih simbolov, ključno pa oblikuje tudi novomeško silhueto.
Stavba je bila vzor gradnji številnim manjšim cerkvam širom Dolenjske. Cerkev svetega Miklavža je stolna od leta 2006, ko je bila ustanovljena novomeška škofija, pred tem je bila kapiteljska. V obdobju avguštinsko navdahnjenih hotenj po nravni in duhovni prenovi Cerkve je habsburški cesar Friderik III. leta 1493 na prošnjo dolenjskih duhovnikov ustanovil kolegiatni kapitelj s proštom, dekanom in enajstimi kanoniki, ki je kmalu dobil tudi papeževo potrditev. Arhitektura cerkve se je razvijala postopno, kar je posledica spremembe v statusu cerkve, nihajočega gmotnega položaja kapitlja in mesta ter ne nazadnje mnogih usodnih požarov in drugih neprijetnosti v mestu. Cerkvena ladja v današnjem obsegu sega v prvo polovico 15. stoletja, zvonik je iz druge polovice 15. stoletja, velik prezbiterij s kripto in zakristijo pa sega v čas kmalu po ustanovitvi kapitlja. Prostoren prezbiterij, namenjen kanonikom, zunaj podpirajo sloki stopničasti oporniki. Pod njim je skrita kripta, ki je nastala zaradi terenskih razmer, spominja pa na starokrščanske katakombe. Ob njej, pod zakristijo, ki je južno ob prezbiteriju, je mala kripta. Urejena je kot lapidarij, v njej pa so na ogled nagrobniki nekaterih cerkvenih in posvetnih osebnosti. Na glavnem oltarju se od konca 16. stoletja nahaja osrednje umetniško delo v mestu, slika svetega Miklavža, delo slavnega beneškega slikarja Tintoretta. Notranjščino znatno bogatijo tudi orgle, slike V. Metzingerja v stranskih oltarjih ter korne klopi. Svetemu Miklavžu sosednja, preprosto oblikovana proštija, danes škofijski dvorec je bil grajen v času po ustanovitvi kapitlja, njegov najstarejši del je južni del vzhodnega trakta, končno podobo pa je dobil do leta 1623. V stavbi je knjižnica, nje začetki segajo v 15. stoletje, ki je posebej privlačna za raziskovalce zgodovine mesta in cerkve. Hrani okoli 6.000 knjig. V proštiji je tudi galerija slik cerkvenih dostojanstvenikov. Med proštijo in cerkvijo stoji kašča iz prve polovice 15. stoletja. Sprva je služila za shranjevanje premičnin meščanov ob zunanjih nevarnostih, kasneje pa za kapiteljske potrebe. Južno od proštije so kapiteljski vrtovi, kjer se cerkveni dostojanstveniki še danes oskrbujejo s svežo zelenjavo. Vrtove z zahodne in južne strani obdaja ohranjeni del srednjeveškega obrambnega obzidja mesta. Ob vrtovih je stavba nekdanje kapiteljske mežnarije, ki jo na glavnem pročelju ob vhodu v klet krasi šilastoločni kamniti portal.